Dieser Abschnitt enthält eine Zusammenfassung des Handlungsrahmens (Fünfjahres-Plan) von Babylon 5 bis exklusive "Die Schlacht um Matok". Beachtet, daß er eine ganze Menge Spoiler enthält!
Die Erste Staffel begann mit einem Überfall, gestaltete sich jedoch etwas ruhiger, um Zeit zu finden, die meisten der Hauptfiguren, Rassen und Mächte einzuführen, die wichtigsten Themen anzuschneiden, um dann zu Ende hin wieder Fahrt aufzunehmen für einige sehr gepackte Episoden, die ebenso viele Fragen aufwerfen, wie sie beantworten. Die wichtigsten Handlungsfäden sind der Konflikt zwischen den Narn und den Centauri, die Schatten, das Psi-Corps, die Geschehnisse auf der Erde, was mit Sinclair in der letzten Schlacht im Erd-Minbari-Krieg und was mit den anderen Babylonstationen geschah und die Vorlonen.
Am Anfang der Staffel starteten die Narn einen nicht provozierten Präventivschlag gegen einen landwirtschaftlichen Außenposten der Centauri. ("Ragesh 3") Die offizielle Reaktion der Centauri war es, gar nichts zu tun, aber wegen persönlicher Beziehungen zu den Ereignissen dort und seinem großen Wunsch, das Imperium möge seine einstige Größe wiedererlangen, versuchte der etwas geckenhafte Botschafter Mollari mit Unterstützung der Menschen und der Minbari, sich seiner Regierung zu widersetzen und Sanktionen gegen die Narn zu verhängen. Beide Seiten setzten ihren Streit fort, bis Londo in einem wütendem Moment Hilfe von seinem neuen Freund Mr. Morden anforderte. Die Schatten starteten eine nicht provozierten Präventivschlag gegen einen Außenposten der Narn ("Chrysalis") und zerstörten ihn vollständig, was Londo leichter Sorge bereitete.
Die erste Begegnung mit den Schatten hatte B5 als ein mysteriöser, freundlicher Mann namens Morden auf der Station ankam und jeden der außerirdischen Botschafter fragte: "Was wollen Sie?" ("Visionen des Schreckens") Delenn vermutete wen Morden repräsentierte, Kosh wußte es mit Sicherheit. G'Kar wollte nur die Centauri auslöschen. Augenscheinlich gefiel Morden Londos Wunsch, das die Centauri ihr verlorenes Imperium zurückgewinnen mögen, am besten und so schmeichelte er sich bei ihm ein, indem er ihm einen großen Gefallen tat. Kurz nach dem Schattenangriff auf die Narn entdeckte G'Kar eine Verbindung zwischen diesem neuen Feind und einem alten aus einer Sage. Er reiste zum Rand des bekannten Raumes und fand eine tödliche Macht auf Z'ha'dum, einer Welt die lange als tot gegolten hatte. ("Rückkehr der Finsternis") Dennoch fallen seine unbestätigten Warnungen in der Ratsversammlung weiterhin auf taube Ohren.
Fast so heimlichtuerisch und mindestens ebenso verschlagen ist das Psi-Corps. Obwohl Talia ganz vernünftig und charakterfest ist, ist das Benehmen ihre Vorgesetzten eher fraügwürdig. Unter den vielen, die das Corps mit Vorsicht betrachten, ist Ivanovas Haß auf das Corps fast legendär. Gedankenpolizisten jagten Jason Ironheart bis auf die Station, weil er, nachdem sie ihre Experimente mit ihm beendet hatten, ihre Pläne zur Erringung der Weltherrschaft durchschaut hatte. ("Die Macht des Geistes") Diese Gedankenpolizisten, die Sicherheitsleute des Psi-Corps, repräsentiert durch Bester, scheinen ein ganz besonders finsterer Haufen zu sein.
Der Verdacht, das Psi-Corps würde die Erdregierung manipulieren bestätigte sich, das Verbindungen zwischen dem Corps, dem Attentat auf den Präsidenten und die Einsetzung seines Nachfolgers bekannt wurden. ("Rückkehr der Finsternis") Weitere unheilvolle Zeichen der Veränderung auf der Erde betreffen die antiaußeridrische Homeguard ("Angriff auf die Außerirdischen") und erste Aktionen der Unabhängigkeitsbewegung auf dem Mars ("Angriff der Aliens, Teil 1"). Was auch immer der Grund sein mag, die Dinge "zu Hause" entwickeln sich nicht zum besten.
Vor zwölf Jahren waren die Menschen für den Tod des Anführers der Minbari verantwortlich. Als Vergeltungsmaßnahme erklärten die Minbari den Menschen der Krieg. In den letzten Momenten dieses Krieges, als ihre Schiffe schon kurz davor standen, die Erde zu zerstören, nahm der Graue Rat einen Menschen, Sinclair, gefangen, als dieser versuchte, ihr Schiff zu rammen. Im Verlauf des Verhörs entdeckten sie zu ihrem Entsetzen, daß Seelen der Minbari in Menschen wiedergeboren waren. Da es die Minbari ablehnen, ihre eigene Art zu bekämpfen und aufgrund einer alten Prophezeiung, daß sie ihre Seelen vereinigen müssen um gegen einen mächtigen Gegner zu kämpfen, befahl der Graue Rat den Minbari zu kapitulieren. Auch weiterhin hatten sie ein großes Interesse an Sinclair und im Endeffekt waren sie es, die ihn als Leiter von Babylon 5 auswählten. Später luden sie ihn als ersten Botschafter der Erde nach Minbar ein ("Die Feuerprobe").
Delenn, die bei der Befragung Sinclairs dabei war, wurde vom Grauen Rat als Führerin der Minbari ausgewählt, ("Verloren in der Zeit"). Ihr Glaube an die Prophezeiung war jedoch so tief, daß sie nicht nur die Nominierung ablehnte, sondern sich sogar ein eine Kokon einspann und sich in einen Minbari-Mensch-Hybriden verwandelte. Eventuell hat sie Recht, denn als einst ein "Seelenjäger" (Bewacher der "größten Seelen) sie sah, versuchte er ihre Seele vor der Zeit einzusammeln.
Die ersten drei Babylon-Stationen wurden sabotiert. Die vierte verschwand unmittelbar nach ihrer Inbetriebnahme. Vier Jahre später erscheint sie wieder und ein seltsamer Außerirdischer namens Zathras erklärt, daß B4 durch "Den Einen" (ein wesentlich älterer Sinclair unterstützt Delenn) durch die Zeit bewegt worden war, um in einem großen galaktischen Krieg als Stützpunkt zu dienen ("Verloren in der Zeit"). Die Leute auf B4 erleben Zeitsprünge und Sinclair hat eine Vision von Garibaldi der seine letzte Schlacht auf B5 kämpft.
Die Vorlonen sind zum Ende der Staffel noch fast genauso geheimnisumwoben wie zu Beginn. Als Kosh in ("Spacecenter Babylon 5") auf der Station ankam, fiel er beinahe einem Attentatsversuche durch einen Minbari zum Opfer. Gerade als man dachte, die Vorlonen seinen entbehrlich oder zumindest völlig desinteressiert, zerstörten sie enigmatisch ein Schiff, daß das Geheimnis der Unsterblichkeit für die Menschen enthielt. Kosh zeigte außerdem Interesse an Talia, bis hin zu einer mentalen Aufnahme von ihr ("Die Todesbringerin").
Auf dem Planeten unter B5 wurde eine sehr mächtige Maschine diverse Waffen gefunden. Delenns früherer Mentor Draal fungiert jetzt als Wächter dieser Maschine. ("Angriff der Aliens, Teil 2")
In "Eine Frage der Farbe" bat Refa, ein hochrangiger Centauri-Adliger, Londo um seine Hilfe, irgendwann den Thron zu besteigen.
In "Rettet die Cortez!" entdeckt Lt. Keffer ein Schiff im Hyperaum und schwärt, herauszufinden was es war.
In "Freiheit für den Mars" wurde ein geheimnisvolles "Büro 13" vorgestellt, das aus den Ruinen von San Diego operiert. Ein Attentäter, kontrolliert durch diese Büro, versuchte eine friedliche Lösung der Situation auf dem Mars zu verhindern. Bei einem Scan sah Talia einen Gedankenpolizisten, der bei der Programmierung des Attentäters anwesend war, aber sie erzählte niemandem davon. Sheridans Interesse an Verschwörungstheorien zeigte sich, als er versuchte, das Puzzle zu lösen. Außerdem wurde angedeutet, daß es in der B5-Mannschaft einen Spion, Codename "Control", geben soll.
In "Drei Frauen für Mollari" besuchen ebendiese die Station, eine von ihnen, die G'Kar kennt, versuchte, ihn umzubringen. Er ließ sich von ihr und einer der anderen scheiden. Talias Ex-Ehemann aus einer vom Psi-Corps arrangierten Ehe, versuchte sie zurückzugewinnen.
"Der Gedankenpolizist" Bester kehrt in dieser Folge auf die Station zurück. Er glaubte, eine Geheimorganisation schmuggle nicht registrierte Telepathen aus dem Kontrollbereich des Psi-Corps'. Talia wurde von den abtrünnigen Telepathen gefangen genommen und hörte einige grausame Geschichten über die wahre Natur des Psi-Corps: Gewalt, Züchtungsprogramme, Mord und Nötigung. Sie und die anderen schafften es, Bester glauben zu machen, die Bewegung wäre eingestellt. Es stellte sich heraus, daß Dr. Franklin einer der Leiter dieser Bewegung war. Talia entdeckte einen weiteren Teil von Ironhearts "Geschenk": sie nun augenscheinlich immun gegen telepathische Scans.
Aufgrund Refas Betreiben, liegt der Imperator der Centauri im Sterben. Londo bittet Morden in "Schatten am Horizont" darum, eine Narnkolonie zu zerstören. Die Narn, die glauben das Centaurimilitär sei verantwortlich, erklären den Krieg. Sinclair sendete durch die Ranger, einer Gruppe von Agenten die er augenscheinlich anführt, eine Nachricht an Garibaldi.